A Bakonyerdő Zrt, mint jogi személy, működéséből és felelősségéből következően a hozzátartozó egységek önállósága széleskörű, de szükségszerűen korlátozott.
Az erdészetek és a gyárak a Bakonyerdő Zrt. önálló termelési és gazdálkodási szervezetei, jogi önállóság nélkül. Az erdészetek és a gyárak vezetője az igazgató, aki korlátozottan egyszemélyi vezető, csak a hatásköri átruházás szerinti felhatalmazás keretén belül rendelkezik hatáskörökkel és ezzel arányos a személyes felelőssége is.
A központ irányítása a gyárak és erdészetek felé általában az éves tervre vonatkozó központi előírásokra, valamint a központ hatáskörébe tartozó értékesítési, gazdálkodási és ügyviteli szervezési feladatok végrehajtására irányul.
A központ direkt beavatkozása csak az önálló egységek tevékenységében és gazdálkodásában felmerülő - az Zrt egészére kiható - negatív eltérések esetében érvényesül, a megfelelő korrekció végrehajtása érdekében.
Az operatív termelésirányításban a termelőegységek teljes önállósággal rendelkeznek. Az egységek hatáskörébe tartozik a legszélesebb értelemben vett munkaszervezés, a feladatok végrehajtása, az eszközök kihasználásának, a munkaerő, a vállalkozások foglalkoztatásának megszervezése és irányítása.
A termelőegységek érdekeltségi rendszere - az általuk felhasználható fejlesztési és anyagi ösztönzési keretek szabályozása - keretgazdálkodás formájában valósul meg.
A decentralizált üzemi érdekeltségi kereteket a központ határozza meg.
Az Erdészetek, a Franciavágási Fűrészáru Gyár és a BEFAG Parkettagyár termelési és kereskedelmi tevékenysége a Termelési és kereskedelmi vezérigazgató-helyettes, a számviteli, pénzügyi, ügyviteli, humánpolitikai, kontrolling és informatikai tevékenysége a Gazdasági vezérigazgató-helyettes szakmai irányítása alá tartozik.
A fűrészáru kereskedelmi tevékenységet a faipari termelési és kereskedelmi osztályvezetőhöz tartozó Fűrészáru kereskedelmi vezető látja el.
A központban működő faipari termelési és kereskedelmi osztály irányítása alá tartoznak a parketta bel- és külkereskedelmi értékesítők és ügyintézők.
A társaság szervezeti felépítését az alábbi ábrák mutatják be.